Seleksi Prestasi Akademik Nasional Perguruan Tinggi Keagamaan Islam Negeri (SPAN-PTKIN) 

SPAN-PTKIN merupakan pola seleksi yang dilaksanakan secara nasional oleh seluruh perguruan tinggi dalam satu sistem yang terpadu dan diselenggarakan secara serentak oleh Panitia Pelaksana yang ditetapkan oleh Menteri Agama Republik Indonesia. Biaya pelaksanaan SPAN-PTKIN ditanggung oleh pemerintah, sehingga peserta tidak dipungut biaya pendaftaran. Pelaksanaan SPAN-PTKIN secara nasional yang diikuti oleh 59 Perguruan Tinggi harus memenuhi prinsip adil, transparan, dan tidak diskriminatif dengan tetap memperhatikan potensi calon mahasiswa dan kekhususan PTKIN.

Perguruan Tinggi sebagai penyelenggara pendidikan setelah MA/MAK/SMA/SMK/Pesantren Mu’adalah dapat menerima calon mahasiswa yang berprestasi akademik tinggi dan diprediksi akan berhasil menyelesaikan studi di Perguruan Tinggi berdasarkan rekomendasi dari Kepala Sekolah/Madrasah. Siswa yang berprestasi tinggi dan secara konsisten menunjukkan prestasinya tersebut layak mendapatkan kesempatan untuk menjadi calon mahasiswa di Perguruan Tinggi melalui SPAN-PTKIN.

Termasuk dalam Perguruan Tinggi dimaksud adalah STAIN Mandailing Natal sebagai satu satunya Perguruan Tinggi Keagamaan yang berstatus Negeri di Kabupaten Mandailing Natal yang Pada Saat ini sudah memiliki 17 Program Studi.